作为一项有可能“改变人类命运”的技术,基因测序经过数十年的发展,在技术研发、基础研究和临床实践上得到了广泛的应用。
不久前,希望组在Github上线了三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1,面向全球范围开源并为学术研究和其它非商业用途免费开放。据悉,本次希望组发布的NextDenovo最新版除了有效解决现有三代测序数据运行时间长、组装质量不稳定、组装工具资源占用大的瓶颈,同时还实现了超大型基因组组装和单Contig一条染色体的突破,为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍。目前华为云基因容器已经率先集成了NextDenovo最新版,既简化了使用流程,同时也免除了应用维护、后续资源的烦恼。
基因测序对密集计算和海量数据处理能力有较高的要求,同时也给基因测序企业带来了存储能力、算力等IT资源的压力。对此,华为云早在2018年,全球首家推出了以Kubernetes为基础的基因容器服务GCS,将容器技术与基因测序完美地结合在了一起。据悉,基因容器服务GCS是华为云在Kubernetes封装了一层关于基因测序的抽象,可帮助基因行业的用户提高资源利用率,降低环境搭建的复杂性,轻松应对波峰波谷。华为云的基因容器解决方案具有“快、省、易、捷”的特点,可解决基因行业普遍存在的开发语言多样、系统维护困难、工具碎片化等问题。
基于轻量级的容器技术,GCS结合了 学习算法、大数据,为测序厂商提供了秒级可伸缩的高可靠资源、便捷一站式用户体验和灵活可定制的测序流程,结合希望组在基因行业内多年来的业务积累,让基因测序数据的计算更快、更省、更轻松,解决用户需求。
据了解,除希望组外,国内基因行业Top 15的企业中,14家选择了和华为云合作。其中,上海其明信息技术有限公司在华为云容器CCI的支持下,完成了25万例基因数据分析和挖掘,协作作出1万多次基于基因信息的临床决策。依托华为云CCI等技术,上海其明实现了K8S和物理资源免运维,其实际计算成本降低了30%-50%。
不仅如此,金域医学病理专家团队与华为云AI团队合作,在AI辅助病理诊断应用开发方面取得过突破性进展,二者打造的AI辅助宫颈癌筛查模型在排阴率高于60%的基础上,阳性病变的检出率超过99.9%,同时阴性片判读的正确率高于99%,是目前国际上已公布的AI辅助宫颈癌筛查的最高水平。
华为云与基因行业的跨界结合,将很好的解决基因行业所面临的问题,对推动基因企业的业务带来了积极的作用。接下来,华为云还将充分发挥自身在5G、云计算和人工智能方面的优势,为基因测序等科学技术领域作出更多的贡献。
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