在医学数据集的训练算法期间面临的许多问题中,以下三个是最常见:类别不均衡多任务数据集大小对于这些问题,本文将分享一些解决的方法。类别不均衡挑战在现实世界中,我们看到的健康人远远比患病的人要多得多,这也反映了在医学数据集中,健康和患病类别的样本数量是不平均。在医疗数据集和信用卡欺诈数据集中,你可能会看到正样本的数量是负样本的一百倍。所以模型训练的结果往往被误认为是表现出色的,然而实际上却并非如此。如果使用accuracy_score准确度这样的简单度量,就会发生这种情况。准确度对于这类数据集来说不是一个很好的度量标准,因为标签严重倾斜,所以一个只输出正常标签的神经网络的准确率甚至还能略高于90%。
解决方案:终上所述,我们可以定义更有用的指标,例如F1度量或"精确度/召回率"。精确度定义为"真正例个数/(真正例个数+假正例个数)",在假正例很多的情况下,这是一个很好的度量;另一方面,召回率定义为"真正例个数/(真正例个数+假反例个数)",在假反例本很多的情况下,这是一个很好的度量。医疗领域的大多数模型是这种情况,但是我们也经常需要同时考虑假正例个数和假反例个数,这就是F1度量的功能,它在精确度(Precision)和召回率(Recall)之间取得均衡,由公式2 * ((Precision*Recall) / (Precision+Recall))给出。处理类不均衡的另一种流行技术是"重采样",这是从多数类(样本过多的那一类)中删除样本(称为欠采样)或在少数类中添加样本(称为过采样)来在这两个类之间取得均衡的行为。尽管它们可以通过使用复杂的重采样技术来解决,但它们具有自己的缺点,如信息丢失和过拟合。多任务挑战在现实世界中,通常仅预测健康或患病是不够的,我们经常需要将医疗数据分为多个类别或标签,例如,仅从心律中检测出心律失常并没有什么市场,对患者进行分析判断得到哪种心律失常更有价值,例如病状可能是房颤,室上性心动过速或任何其他类型。从理论上讲,可以为需要分类的每个标签训练单独的神经网络模型,但是这对于写代码来说是非常不切实际的,如果我们可以将所有这些分类模型组合到一个返回多个预测的单个 神经网络中,就比较有价值。
解决方案:我们可以使用一种称为"多类别分类"或"多标签分类"的方法来应对这一挑战。这两种方法略有不同,在多类别中,数据样本的类别是互斥的,而在多标签中,数据样本可以属于多个类别。在医学领域,我们通常使用多标签分类,因为如果患者被诊断为肺不张(肺的膨胀不全),则并不意味着他/她就不会有心脏肥大。我们将模型最后一层的分数再传递给Sigmoid激活函数,这会把最后一层的每个分数转换为0到1之间的值,而与其他分数无关。对于多标签分类,我们选择的损失函数变为binary_crossentropy,其中由于我们使用了Sigmoid激活函数,因此每个标签都被视为独立的伯努利分布。在需要多类的情况下,可以用损失函数设置为categorical_crossentropy的softmax激活函数来替换Sigmoid激活函数。数据集大小挑战另外一个处理医学数据集的挑战为数据集的大小。大型训练数据集除了具有良好的体系结构外,还对模型的性能起着重要的作用,但可用于疾病的患者数据数量往往不够。低数据集大小会导致高偏差和高方差,这些原因导致模型的推广和优化困难。
解决方案:为了解决模型优化的困难,我们可以使用一种称为"迁移学习"的方法,其中我们使用从相关网络较低层中学习来训练较高层,而无需它们从头开始学习。由于先前的训练,较低的图层可以用作良好的特征提取器,因此我们可以根据数据集对其进行微调,该技术优化速度更快,并减少了训练新模型所需的数据量。为了解决模型泛化的困难,我们可以使用一种称为"数据增强"的技术,将数据提供给模型之前,可以对样本进行一些随机转换,这样我们可以使模型对于大小或亮度等微小变化保持不变。诸如水平或垂直翻转图像,更改图像的亮度或对比度,将图像旋转或缩放到一定程度之类的做法都有助于数据扩充。此技术在小型数据集中避免过度拟合非常有用。
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